داستان فیلم درباره‌ی دو برادر به‌ نام‌های ادوارد و آلفونسو الریک است که پس از مردن مادرشان، قصد دارند به‌ کمک دست نوشته‌های پدر خود از علم کیمیاگری استفاده کرده و وی را زنده کنند. اما اتفاقات مطابق میل این دو برادر پیش‌ نرفته و حال ماجراجویی بزرگتری در انتظار ادوارد و آلفونسو است و…

با مرگ بزرگ خاندان، میتسو، بستگان از راه‌های دور در شهر برفی آشیبتسو گرد هم می‌آیند. زنی مرموز به نام نوبوکو ناگهان ظاهر می‌شود. حضور او به تدریج رازهای دوران جنگ و گذشته ناشناخته میتسو را فاش می‌کند.